C'est au milieu des oiseaux, dans une cabane perchée sur le toit d'un immeuble abandonné, que Ghost Dog étudie un ancien texte samouraï. Ghost Dog est un tueur professionnel qui se fond dans la nuit et se glisse dans la ville.

Quand son code moral est trahi par le dysfonctionnement d'une famille mafieuse qui l'emploie de temps à autre, il réagit strictement selon le code samouraï.